Le piante endemiche, dette anche endemite, sono entità importantissime perché sono presenti esclusivamente in un territorio geograficamente limitato, a volte anche molto circoscritto. Detto diversamente, si tratta di entità che crescono solo in un’area ristretta - e da nessun’altra parte al mondo.

Descritte brevemente, le undici endemite esclusive o proprie delle Alpi Liguri e Marittime, situate o segnalate all'interno del Parco, sono: Fritillaria tubaeformis, Helianthemum lunulatum, Iberis aurosica, Jacobaea personii, Micromeria marginata, Phyteuma cordatum, Potentilla valderia, Rhaponticum bicknellii, Silene cordifolia, Silene campanula, Viola valderia.

Inoltre, all’interno del Parco si trovano molte specie rarissime: sulle pendici della Mirauda, quando il primo sole primaverile comincia a riscaldare le ampie radure e i pascoli rivolti a meridione è possibile ammirare, per esempio, il bellissimo Crocus versicolor, un’iridacea a distribuzione ligure-provenzale che, mentre in quei luoghi mediterranei è relativamente abbondante, in Piemonte si trova solo in pochissime località tra Valle Pesio e Valle Gesso), mancando, poi, nel resto del mondo. Scoperto nel Parco solo negli anni ‘90, probabilmente è sempre stato confuso con il comune Crocus albiflorus, con cui condivide la caratteristica di sfoggiare fiori bianchi, oppure violetti.

Assai inconsueta sul territorio italiano, in cui si localizza solo sulle Alpi, è una fragile violetta situata nei pascoli calcarei pietrosi di Carnino: la Viola pinnata; qui è rappresentata, oltretutto, da pochissimi esemplari, facilmente distinguibili dalle altre viole per le foglie disposte a ventaglio. In prossimità di alcuni ricoveri per animali vive, invece, una minuscola liliacea, la Gagea minima, rarissima nel territorio italiano; si contano pochissime stazioni in tutta tutta l’Italia settentrionale. Ma la specie più simbolica della flora rara del Parco Parco del Marguareis, quanto meno per il suo indubbio pregio estetico, è Cypripedium calceolus, la Scarpetta di Venere, l’orchidea della flora italiana dalle maggiori dimensioni.

La Scarpetta di Venere è relativamente più frequente nell’arco alpino orientale, dove però, è soggetta a raccolte vandaliche; nelle Alpi occidentali italiane trova rifugio, ormai, in pochissime stazioni della Valle d’Aosta e della Val Susa. In Valle Pesio la storia della Scarpetta di Venere è alquanto tormentata: scoperta da padre Cumino nel 1796, fu dimenticata per più di 100 anni, quando venne ritrovata nel 1899, dal botanico inglese Clarence Bicknell. All’epoca i botanici erano anche accaniti collezionisti e, ciò portò, negli anni, alla presunta estinzione della specie da questa valle. Nel 1992 e successivamente, in seguito alla ripresa di ricerche floristiche ad opera del personale del Parco, essa è stata ritrovata in sette distinte stazioni, dove, si spera, possa continuare tranquillamente la sua esistenza.

Le glaciazioni hanno provocato notevoli migrazioni di vegetali da svariate zone della Terra. Per sfuggire ai ghiacci sono giunte a noi specie del Nord Europa e delle regioni artiche, ma nei periodi interglaciali e nel postglaciale, dal clima meno rigido, sono arrivate anche entità siberiane, mediterranee, ecc. A ricordo di quei “trafficati” periodi, nel Parco abbiamo degli esempi di specie definite “relitte” di andamenti climatici diversi dagli attuali. Significative sono Saxifraga cernua e Juniperus phoenicea. Le popolazioni di Saxifraga cernua sono ubicate, attualmente, a ridosso dell’Artico. Obbligata dalle prime glaciazioni a emigrare verso sud, in qualche fase interglaciale ha risalito le montagne e, sul Marguareis, è riuscita a resistere ai periodi glaciali successivi. Delle 32 ridottissime stazioni presenti ancora sulle Alpi, questa è l’unica delle Alpi occidentali. La colonia del Marguareis, è formata da un pugno di piccoli esemplari: la cernua ha un’altezza che va da tre a dieci centimetri.

Juniperus phoenicea, detto ginepro fenicio, ha un’origine e un’area di diffusione tipicamente mediterraneee. Nel Parco si presenta in tre stazioni poste su affioramenti rocciosi marcatamente caldi. Esso ci offre una testimonianza, molto rara in Piemonte, dell’arido clima che si presentò nel periodo postglaciale. Il limite settentrionale di distribuzione del ginepro fenicio è costituito dal popolamento della Riserva naturale di Rocca San Giovanni-Saben in Valle Gesso