Il Parco del Marguareis ospita in uno spazio relativamente ristretto una concentrazione eccezionale di specie botaniche. Il suo territorio è uno dei “paradisi botanici" d’Europa. Il suo segreto? La prossimità delle Alpi al Mediterraneo, la varietà dei suoli e dell’orientamento dei versanti sono alcuni dei fattori alla base della ricchezza floristica e vegetazionale dell’area, dove sono rappresentati tutti gli ambienti e le relative specie: boschi, praterie, aree umide, zone aride, rupi e ghiaioni.
L’elenco floristico è impressionante: conta attualmente 1501 specie censite all'interno del Parco, quasi un quarto dell’intera flora italiana.

Buona parte dell’area protetta è coperta da estesi boschi di pregio. I boschi di fondovalle sono ben rappresentati in Valle Pesio, dove i più diffusi sono i castagneti, i boschi misti di latifoglie e i querceti, che, nell’insieme, fanno da corona alla Certosa di Pesio. Il castagno più suggestivo e, forse, anche il più anziano del Parco è posto nei pressi della Cascina San Michele.

Appena più in alto troviamo le faggete, utilizzate da secoli per ricavarne legname da ardere: certosini e valligiani hanno sfruttato da sempre questi boschi non solo per uso domestico ma anche per rifornire fornaci, fabbriche di vasi, martinetti.

All’aumentare della quota, si trovano le conifere: in Valle Pesio domina l’abete bianco con le abetine del Prel e del Buscaiè, nella Valle di Carnino il pino uncinato nella Pineta delle Larzelle e nel Vallone di Upega il larice con il famoso Bosco delle Navette.