All'interno dell'area protetta vivono tre specie di Galliformi alpini: la pernice bianca (Lagopus mutus), il fagiano di monte (Lyrurus tetrix), appartenenti alla famiglia dei Tetraonidi, e la coturnice (Alectoris graeca), appartenente alla famiglia dei Fasianidi.

Le valli Pesio e Tanaro ospitano alcuni tipici rapaci diurni e notturni. Fra i primi sono presenti come l’astore (Accipiter gentilis) e lo sparviero (Accipiter nisus). Sono nidificanti anche la poiana (Buteo buteo) e il falco pecchiaiolo (Pernis apivorus). Il biancone (Circaetus gallicus), più numeroso in periodo migratorio, si osserva sui versanti aridi e assolati alla ricerca di rettili che cattura con abilità.
Il gheppio (Falco tinnunculus), molto frequente, lo si scorge spesso cacciare con la tipica tecnica dello “spirito santo” che gli permette di rimanere fermo a poca distanza da terra per scrutare e localizzare le piccole prede: topi, arvicole, grossi insetti, sauri.

Il più comune tra i rapaci notturni è senz’altro l’allocco (Strix aluco), che utilizza le cavità naturali dei vecchi tronchi. Il gufo comune (Asio otus), a differenza dell’allocco sfrutta nidi abbandonati da altri rapaci o corvidi. La civetta capogrosso , che è stata rilevata al limite dell’abetina, segue da vicino l’espansione del picchio nero di cui riutilizza i nidi abbandonati. La presenza del gufo reale (Bubo bubo) è accertata, mentre è ancora da verificare la probabile presenza della civetta nana, anche se per questa e per altre specie citate ci troviamo ai limiti dell’areale di distribuzione sull’arco alpino.

Il Parco Naturale Marguareis, contraddistinto da ampie foreste, ospita numerose specie di uccelli legate a questo particolare ambiente che offre loro riparo e cibo. Ne sono state avvistate durante i vari periodi dell’anno 120 di cui circa 80 nidificanti. In un ambiente forestale non è facile identificare la presenza delle numerose specie di uccelli se non attraverso l’identificazione dei canti, versi e richiami tipici nel periodo della riproduzione. Senza dubbio il più evidente, anche all’orecchio inesperto è quello del picchio nero (Dryocopus martius), osservato regolarmente a partire dal 1987 in seguito a un’espansione che ha avuto sull’arco alpino sudoccidentale.

Lungo i sentieri del bosco che danno accesso all’alta Valle Pesio è frequente, nelle cavità, tra le radici delle vecchie ceppaie trovare il nido del pettirosso (Erithacus rubecula), come quello dello scricciolo (Troglodytes troglodytes). Il tronco, oltre che dai picchi è utilizzato dal rampichino alpestre (Certhia familiaris) che nidifica tra la corteccia. Tutte le cince sono presenti negli ambienti a loro più congeniali. Questi insettivori nidificano in cavità naturali degli alberi, oppure, soprattutto la cincia mora (Parus ater) e la cinciallegra (Parus major) non disdegnano i muretti a secco lungo le mulattiere. Nelle parti più in quota del bosco troviamo oltre alla cincia mora (Periparus ater), la cincia bigia alpestre (Poecile montanus) e la cincia dal ciuffo (Parus cristatus), più legate alla presenza del pino uncinato.

Nel bosco di latifoglie a castagno, nocciolo, frassino, ciliegio selvatico, si trovano il picchio rosso maggiore (Dryocopus major), il picchio rosso minore (Dryocopus martius) e il picchio muratore (Sitta europaea). Quest’ultimo è definito erroneamente “picchio”, appartiene in realtà a un’altra famiglia ma, non essendo in grado di scavare nei tronchi, utilizza nidi abbandonati dal picchio rosso maggiore di cui restringe il foro di entrata con fango, per adattandoli alle proprie dimensioni più ridotte.
Il regolo (Regulus regulus) e il fiorrancino (Regulus ignicapilla), i più piccoli uccelli europei con lo scricciolo, frequentano ambienti simili: abetine, lariceto, bosco misto. È caratteristica la particolare costruzione dei minuscoli nidi appesi alla biforcazione dei rami.

La presenza del crociere (Loxia curvirostra) nell’abetina è legata all’alimentazione di questa specie, in grado con il particolare becco di estrarre i semi da vari tipi di pigne. Il periodo di nidificazione è piuttosto ampio per questa specie, sono stati osservati involi nel mese di aprile e anche nidificazioni tardive nei mesi autunnali. Altra specie, presente nel Parco, dotata di un particolare becco robusto è il frosone (Coccothraustes coccothraustes) in grado di rompere l’osso della ciliegia selvatica.
Molto frequentemente si sente anche il verso poliglotta della ghiandaia (Garrulus glandarius) che riproduce fedelmente i richiami e i versi di altre specie, in particolare dei rapaci. Anche la famiglia dei luì trova il suo habitat ideale nei boschi del Parco. Il più comune è il luì piccolo (Phylloscopus collybita), dal tipico verso (cif-ciaf), l’unico che rimane anche d’inverno, mentre il luì verde (Phylloscopus sibilatrix) e il bianco (Phylloscopus bonelli), dopo la nidificazione ritornano alle zone di svernamento a sud del Sahara.

Nel periodo di passo autunnale molte specie si affacciano in valle anche se la netta posizione geografica nord sud della Valle Pesio non ne fa un’area importante di migrazione. Si vedono comunque tra agosto e settembre piccoli gruppi di falchi pecchiaioli, bianconi, nibbi (Milvus spp.), gruccioni (Merops apiaster) e altre specie a migrazione prevalentemente notturna.

Senza dubbio il passeriforme più comune è il fringuello (Fringilla coelebs): è diffuso in tutta la fascia boschiva, nidificante e stanziale, e in autunno forma gruppetti numerosi con le peppole svernanti. Tra i turdidi, il tordo bottaccio (Turdus philomelos) è frequente in ambito forestale, la tordela (Turdus viscivorus) in zone elevate e aperte. Cesena (Turdus pilaris) e sassello (Turdus iliacus) si osservano in periodo di passo autunnale.

Il merlo dal collare (Turdus torquatus) nidifica ai limiti della vegetazione arborea e ci porta a considerare la fascia di arbusteti che separa il bosco dai pascoli alpini. L’ambiente è quello delle forre colonizzate da ontano verde, il rodoreto a mirtillo e rododendro, dove le specie più caratteristiche sono la passera scopaiola (Prunella modularis), la bigiarella (Sylvia curruca), il fanello (Carduelis cannabin) e il prispolone (Anthus trivialis).
Spesso il cuculo (Cuculus canorus) approfitta proprio di queste specie per occuparne i nidi in cui depone il proprio uovo. Lo stiaccino predilige le zone adiacenti gli alpeggi dove trova abbondanti insetti. Ai bordi delle pietraie troviamo, con l’inconfondibile codirosso spazzacamino , il culbianco.
La Conca delle Carsene, tipico ambiente a pino uncinato, ospita, nelle zone più rocciose, il codirossone e l’organetto . Anche il venturone è stato riscontrato nidificante. La famiglia degli zigoli è rappresentata dallo zigolo giallo e dal muciatto.

Sulle creste colonizzate dal pino cembro non manca la nocciolaia. In questo ambiente tipicamente alpino troviamo anche il sordone (Prunella collaris), il fringuello alpino e nelle pareti il picchio muraiolo.
I gracchi, sia alpino che corallino, frequentatori delle pareti e dei pascoli alpini, durante il periodo invernale formano stormi numerosi che volteggiano nei cieli tersi. Il corvo imperiale (Corvus corax), più solitario, è spesso individuato grazie al suo verso che ci fa alzare lo sguardo al cielo per cercarlo in volo.

L’ambiente del torrente è caratterizzato invece da una buona presenza del merlo acquaiolo (Cinclus cinclus), che nel periodo estivo si può spingere fino ai 2000 metri del laghetto del Marguareis, come pure la ballerina gialla.
Nella fascia di vegetazione ripariale si trova la cincia bigia e recentemente, sempre più di frequente, si vede, lungo il corso del Pesio e dei suoi affluenti, anche a quote elevate (Pian del Creus), l’airone cenerino (Ardea cinerea).