Gli splendidi corsi d’acqua del Parco Naturale Marguareis ospitano numerose famiglie della fauna bentonica (invertebrati acquatici che vivono in stretto contatto con i fondali o fissati ad un substrato solido), microscopiche forme di vita che con la loro presenza sui fondali ciottolosi ci fanno comprendere la particolare purezza delle acque.
Questi animali sono infatti dei bioindicatori molto sensibili all’inquinamento, la cui presenza è indice di una buona qualità delle acque che li ospitano. Gli invertebrati che vivono nei torrenti del Parco costituiscono la fonte di cibo principale per i pesci che li animano: la trota (Salmo trutta spp.) e lo scazzone (Cottus gobio).

I torrenti Pesio e Tanaro e i rispettivi affluenti costituiscono habitat ideali per i salmonidi. Oltre a esemplari di immissione, che non hanno certo contribuito al naturale sviluppo dell’ittiofauna autoctona (per lo più concentrati nell’asta principale del Pesio e del Tanaro), troviamo ancora nei valloni laterali, popolazioni di trota fario autoctone appartenenti al ceppo mediterraneo.

Dalle ricerche effettuate con i campionamenti ittici si è constatata per la Valle Pesio una naturale diffusione della trota marmorata, anche a quote superiori a quelle ipotizzate per la specie, con evidenti compenetrazioni degli areali tra fario e marmorata che danno luogo a ibridi tra le due specie. In alta Valle Tanaro la trota fario autoctona è presente nei valloni di Carnino e delle Saline mentre la trota marmorata è presente nel Torrente Negrone.
Lo scazzone, meglio noto con il nome locale di bota, consueta preda dei salmonidi, a sua volta si nutre volentieri di uova di trota e di piccoli avannotti in un curioso doppio ruolo di preda-predatore.

Al di fuori dei confini del Parco, la presenza del temolo (Thymallus thymalllus), piuttosto comune nel torrente Pesio fino ai primi anni ’70 del Novecento, attualmente è dovuta a esemplari di immissione per tentare il ripopolamento. Un tempo il temolo si spingeva sino in corrispondenza dell’abitato di San Bartolomeo (700 m); ora si può dire praticamente scomparso per molteplici cause legate al maggiore inquinamento delle acque (scarichi fognari, detersivi ecc.), fenomeno particolarmente evidente e grave durante il periodo estivo, quando si registra la concomitanza del periodo di magra del torrente con il momento di maggior concentrazione turistica in valle.
Per il medesimo motivo anche la presenza del gambero di fiume (Austropotamobius pallipes) si è notevolmente ridotta.