Tra gli anfibi è da segnalare la presenza del geotritone (Speleomantes strinatii) alla Grotta delle Camoscere: si può considerare un relitto di antichissime faune soppiantate da altre più recenti, rappresentante unico di un gruppo di salamandre soprattutto nord-americane (Morisi).
Il genere Speleomantes comprende 8 specie, di cui 7 endemiche dell'Italia e tutte, in differente misura, considerate in pericolo di estinzione dalla International Union for Conservation of Nature (IUCN). Il geotritone è lungo 12-15 cm, di colore grigio maculato sul dorso e biancastro sul ventre.
La coda è lunga e schiacciata lateralmente, la testa è grossa, appiattita e con gli occhi sporgenti. La bocca è larga e la lingua è appiattita. Gli arti anteriori munite di una terminazione a ventosa per poter aderire sulle pareti lisce. Una peculiarità del geotritone è quella di avere una respirazione esclusivamente cutanea e oro-faringea poiché privi di polmoni e branchie: prendere in mano un geotritone equivale a rischiare di soffocarlo!
I geotritoni vivono all’ingresso delle grotte o all’interno di fessure umide nella roccia e si nutrono di insetti ed altri invertebrati (aracnidi, ragni), predandoli con estroflessione della lingua. Escono dai nascondigli solamente di notte o in giornate molto umide e vivono solitari, eccetto durante i periodi di riproduzione. La riproduzione avviene nei periodi marzo-aprile e novembre-dicembre ed inizia con una complessa danza nuziale del maschio seguita dalla fecondazione interna. I piccoli si sviluppano senza metamorfosi. A differenza degli altri tritoni, possono riprodursi senza l'ausilio dell'acqua deponendo le uova singolarmente in sabbie umide all'interno delle grotte.

Il rospo comune (Bufo bufo), pur avendo in genere una diffusione sino ai 1600 metri, in Valle Pesio per quanto è dato sapere non si spinge oltre i dintorni della Certosa. Molto più diffusa è la rana temporaria (Rana temporaria), di cui si possono osservare nel periodo riproduttivo notevoli “assembramenti” in prossimità di stagni e pozze d’acqua al disgelo. In primavera, durante il periodo degli amori di rospi e rane, e, in generale, nelle giornate di pioggia, è consigliabile guidare piano e con cautela lungo le strade del Parco, dove è facile avvistare (e, se non si sta attenti, investire!) gli anfibi in movimento.